故事开始于2010年7月28日，“未来道具研究所”社团的两人，冈部伦太郎和椎名真由里去秋叶原广播会馆参加中钵博士的时间旅行理论发表会，见到了年仅18岁就在科学杂志上发表学术论文的天才少女牧濑红莉栖。发表会结束不久后，在会馆8楼深处，冈部发现了倒在血泊中的红莉栖。

剧情介绍：《天元突破红莲之眼》的舞台架设在架空的未来世界，住在不知天空为何物的村庄“基哈”（ジーハ）的少年“西蒙”（シモン）在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥神名（カミナ）以及从 ...