尽管恩琴的死亡标志着外蒙古一段血腥历史的终结，但蒙古从此离中国越来越远。在苏联的支持下，外蒙古逐渐走向自治，最终在1945年8月14日，国民政府与苏联签署了《中苏友好同盟条约》，并被迫同意外蒙古进行独立公投。投票结果几乎没有悬念，在苏蒙的监督下，所有选民都同意外蒙古独立。1946年1月5日，中国民国正式承认了蒙古人民共和国的独立。